Căn cứ Khoản 22 Điều 7 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài Chính hướng dẫn về thuế GTGT quy định giá tính thuế:
“Giá tính thuế đối với các loại hàng hóa, dịch vụ quy định từ khoản 1 đến khoản 21 Điều này bao gồm cả khoản phụ thu và phí thu thêm ngoài giá hàng hóa, dịch vụ mà cơ sở kinh doanh được hưởng.
Trường hợp cơ sở kinh doanh áp dụng hình thức chiết khấu thương mại dành cho khách hàng (nếu có) thì giá tính thuế GTGT là giá bán đã chiết khấu thương mại dành cho khách hàng.
Trường hợp việc chiết khấu thương mại căn cứ vào số lượng, doanh số hàng hóa, dịch vụ thì số tiền chiết khấu của hàng hóa đã bán được tính điều chỉnh trên hóa đơn bán hàng hóa, dịch vụ của lần mua cuối cùng hoặc kỳ tiếp sau.
Trường hợp số tiền chiết khấu được lập khi kết thúc chương trình (kỳ) chiết khấu hàng bán thì được lập hóa đơn điều chỉnh kèm bảng kê các số hóa đơn cần điều chỉnh, số tiền, tiền thuế điều chỉnh. Căn cứ vào hóa đơn điều chỉnh, bên bán và bên mua kê khai điều chỉnh doanh thu mua, bán, thuế đầu ra, đầu vào. …”
Trường hợp Công ty bán hàng cho các siêu thị, trong hợp đồng thoả thuận về các khoản chiết khấu thương mại dựa theo doanh số tính đến cuối năm 2016. Năm 2017 Công ty căn cứ doanh số mua của siêu thị, thoả thuận chiết khấu thương mại theo hợp đồng để lập hoá đơn, số tiền chiết khấu của hàng hóa đã bán được tính điều chỉnh trên hóa đơn bán hàng hóa của lần mua cuối cùng hoặc kỳ tiếp sau thì về nguyên tắc hóa đơn lập vào thời điểm nào thì tính doanh số bán hàng hoá vào năm đó.
Cụ thể đề nghị Công ty có văn bản kèm hợp đồng (có nội dung về chiết khấu) gửi cơ quan thuế quản lý trực tiếp để có căn cứ trả lời.