Thời gian ủ bệnh viêm não Nhật Bản khoảng từ 5 – 14 ngày, trung bình là 1 tuần. Trong thời gian này, người bệnh thường không có biểu hiện triệu chứng.
Thời kỳ khởi phát:
- Thời kỳ này của bệnh tương ứng với lúc virus vượt qua hàng rào mạch máu – não và gây phù não, gây ra các biểu hiện hội chứng màng não.
- Bệnh khởi phát rất đột ngột bằng sốt cao 39 – 40°C hoặc hơn. Bệnh nhân có thể đau đầu, đau bụng, buồn nôn và nôn.
- Trong 1 – 2 ngày đầu của bệnh có thể xuất hiện cứng gáy, tăng trương lực cơ, rối loạn vận động nhãn cầu, lú lẫn hoặc mất ý thức, phản xạ gân xương tăng.
- Ở một số trẻ nhỏ, có thể thấy đi lỏng, đau bụng, nôn giống như nhiễm khuẩn – nhiễm độc ăn uống.
Thời kỳ toàn phát:
- Từ ngày thứ 3 – 4 đến ngày thứ 6 – 7 của bệnh: Virus xâm nhập vào nhu mô não gây phá hủy các tế bào thần kinh, triệu chứng nổi bật trong giai đoạn toàn phát là sự xuất hiện các dấu hiệu tổn thương não và tổn thương thần kinh khu trú.
- Ngày thứ 3 – 4 của bệnh, các triệu chứng của thời kỳ khởi phát không giảm mà lại tăng lên. Bệnh nhân từ mê sảng kích thích, rối loạn ý thức, dần dần đi vào hôn mê sâu.
- Các triệu chứng rối loạn thần kinh thực vật cũng tăng lên: Vã nhiều mồ hôi, da lúc đỏ, lúc tái, rối loạn nhịp thở và tăng tiết trong lòng khí phế quản, mạch thường nhanh, yếu, huyết áp tăng.
- Bệnh nhân cuồng sảng, ảo giác, kích động, tăng trương lực cơ làm cho bệnh nhân nằm co quắp và có các cơn xoắn vặn, co giật cứng hoặc giật rung các cơ mặt và cơ chi. Một số bệnh nhân xuất hiện trạng thái định hình, giữ nguyên tư thế.
- Triệu chứng khu trú: Liệt chân, tay; các dây thần kinh sọ não bị tổn thương, đặc biệt là các dây vận nhãn và dây thần kinh mặt (VII).
- Bệnh nhân thường tử vong trong vòng 7 ngày đầu, những bệnh nhân vượt qua được thời kỳ này thì tiên lượng tốt hơn.