Quá trình xuất hiện bệnh có thể gây ra các vấn đề liên quan đến hệ thần kinh và tâm thần. Mỗi người bệnh mắc viêm não tự miễn sẽ thường có các biểu hiện khác nhau.
- Một số dấu hiệu điển hình liên quan đến thần kinh cần quan tâm đến như: Suy giảm nhận thức và trí nhớ, xuất hiện những cử động bất thường, co giật, có những vấn đề về việc giữ cân bằng, khả năng giao tiếp hoặc thị lực bị ảnh hưởng, tay chân yếu dần đi, khó ngủ…
- Một số dấu hiệu điển hình liên quan đến tâm thần cần quan tâm đến như: Thích gây hấn, xuất hiện các cơn hoảng loạn, hưng phấn hoặc sợ hãi quá mức, hội chứng catatonia, ám ảnh cưỡng chế, có hành vi tình dục bất thường, rối loạn tâm thần, ảo giác, ảo tưởng,…..
Trong 2 tuần đầu, biểu hiện tiêu biểu của bệnh sẽ đi kèm các triệu chứng tâm thần như: kích động, mất ngủ, có hành vi bất thường, lo âu, ảo thị (nhìn thấy vật thể lạ, người lạ..), giảm trí nhớ, ảo thanh (nghe tiếng nói trong tai, nghe âm thanh lạ…). Từ những triệu chứng trên, bệnh nhân thường được chỉ định điều trị tại chuyên khoa tâm thần.
Bắt đầu từ tuần thứ 3 trở đi, bệnh nhân sẽ xuất hiện tình trạng như: lơ mơ, co giật, không tiếp xúc với người xung quanh, nhai miệng liên tục làm tổn thương môi và lưỡi, gồng cứng chân tay, tay chân có các cử động bất thường liên tục. Các biểu hiện này sẽ là cơ sở chứng minh bệnh nhân không phải bị tâm thần mà là dấu hiệu của viêm não. Trường hợp diễn tiến nhanh, bệnh nhân sẽ bị thở yếu, cần có sự hỗ trợ từ máy thở. Trong giai đoạn này, người bệnh cần thực hiện chụp phim cộng hưởng từ (MRI) não và xét nghiệm dịch lấy ra qua chọc dò thắt lưng (dịch não tủy) có thể ghi nhận có bất thường.
Những dấu hiệu của bệnh thường sẽ có sự tiến triển nhanh chóng có thể chỉ sau vài tuần hoặc thậm chí là vài ngày. Khi bệnh trở nặng có thể gây mất ý thức, thậm chí là hôn mê ở người bệnh. Vì đây là căn bệnh xuất hiện khá đột ngột nên cần được phân biệt với các vấn đề về tâm thần lâu dài, đã diễn ra từ nhiều tháng hoặc nhiều năm.