Trong Y Học Cổ Truyền, thuốc đông y được bào chế từ những cây cỏ thiên nhiên có và không có độc tính. Chưa kể tới người bệnh có thể sử dụng nhầm thực vật rất độc để làm thuốc (ví dụ như cây lá ngón). Một số vị thuốc trong đông y về khoáng chất rất độc có thể kể đến như thần sa, thạch tín, chu sa có chứa thủy ngân, khinh phấn,… Ví dụ một số loại thực vật hay dược thảo có độc tính như rễ củ của cây ô đầu Việt Nam (Aconitum fortunei) có chứa aconitin cực độc; độc tính của mã tiền là do chất strychnine, nếu dùng quá liều sẽ gây cơn co giật kiểu uốn ván và người bệnh có thể tử vong vì ngạt thở.
Thậm chí nhân sâm (Panax ginseng) là một trong những loại thuốc bổ Đông y rất quý, nhưng nếu quá lạm dụng, sử dụng không hợp lý cũng có thể gây ngộ độc. Một số người sử dụng nhân sâm và các chế phẩm của nó với liều lượng quá cao hoặc dài ngày sẽ dẫn tới tình trạng ngộ độc nhân sâm với những triệu chứng điển hình như đau đầu, chóng mặt, tăng huyết áp, thần kinh hưng phấn quá độ làm mất ngủ,…
Hiện nay, thuốc Đông y còn kể bao gồm cả những chế phẩm gọi là thực phẩm chức năng chủ yếu từ các dược thảo. Nếu đăng ký thảo dược là thuốc thì đó gọi là thuốc đông y hay thuốc Y Học Cổ Truyền, thậm chí có thể là thuốc tây y, nhưng thảo dược đăng ký là thực phẩm chức năng chế phẩm thì được gọi là thực phẩm chức năng. Tuy nhiên, cần phải lưu ý với những loại thực phẩm chức năng được bày bán với bao bì chai lọ giống chai lọ thuốc và dạng bào chế là viên nang hay viên nén giống như các viên thuốc nhưng không được xem là thuốc. Trên các nhãn mác, bao bì của các loại thực phẩm chức năng sẽ phải bắt buộc ghi rõ: “Đây không phải là thuốc và không được dùng để thay thế thuốc”. Nhờ quảng cáo, tiếp thị rầm rộ nên nhiều người cứ tưởng thực phẩm chức năng là dược thảo dùng sao cũng được, còn cả tin đến độ xem là “thần dược” chữa được nhiều bệnh và cứ thế tự tiện dùng kết hợp với thuốc tây y đang được sử dụng để chữa bệnh.